Tương truyền, xưa kia ngôi chùa gọi là chùa Sân Tiên, còn có tên chính thức khác là Thất Bửu tự (thuộc tổ 3, ấp Vồ Bà, xã An Hảo, thị xã Tịnh Biên). Thất Bửu tự do Hòa thượng Thượng Giác – Hạ Quang (tục danh Phạm Văn Vọng ở Bình Hòa, quận Châu Thành, tỉnh An Giang) tạo dựng năm 1942 trên một vồ đá, mặt ngó xuống chợ Tà Đét (xã Trác Quan, nay là chợ An Hảo). Với cây rừng hoang vu, không khí tĩnh mịch cộng thêm xuất hiện nhiều thú hoang dã, nhất là loài khỉ nên cư dân ở đây đều gọi là Sân Tiên, giống như địa hình đặt ngôi chùa. Theo người đời kể lại, Hòa thượng Thượng Giác – Hạ Quang (trụ trì) không tham gia cách mạng, nhưng hiến tặng “đại hồng chung” để du kích sáng chế vũ khí dùng trong kháng chiến.
Ngày 28-7-1959, ông Nguyễn Văn Lang (Giáo Thọ) thay mặt Hòa thượng Thượng Giác – Hạ Quang, ký giấy giao Thất Bửu tự và 10 công đất chùa cho ông Lê Phước Thống (ấp Kinh, xã Tri Tôn) trọn quyền lo việc nhang khói, với sự chứng thực của hành chính và Cảnh sát xã Trác Quan. Lúc bấy giờ, do việc đi lại khó khăn nên ít có người lui tới, chùa Sân Tiên hay Thất Bửu tự ít người biết. Đó cũng là điều kiện thuận lợi để nơi đây trở thành “trạm giao liên” và “điểm dừng chân” của cán bộ cách mạng, có lúc Chi bộ xã Trác Quan hội họp, cất giấu tài liệu và vũ khí hoạt động tại chùa.
Năm 1969, ông Lê Phước Thống (chủ chùa) bị Cảnh sát quận Tri Tôn theo dõi và bắt bỏ tù 2 lần, vì tội “hoạt động cho cách mạng”. Với tấm lòng kiên trung, ông một mực không khai báo, mà bảo đảm an toàn cơ sở. Thế nhưng, ngôi chùa lại bị chúng đốt phá tan tành, chỉ còn tượng Phật trơ trụi ngoài mưa nắng. Sau khi ra tù, ông nhiều lần gầy dựng lại bằng tre nứa, song vẫn bị chúng tiếp tục đốt phá và nhất định không cho xây dựng. Giữ lời hứa với vị hòa thượng khai sơn, gia đình ông Thống quyết chí chăm lo nhang khói cho đến ngày 30-4-1975, giải phóng hoàn toàn miền Nam và thống nhất đất nước.
Người hành hương lên viếng chùa, thấy vậy kêu chùa “Phật nhỏ – tượng Phật nhỏ” và thành danh cho đến ngày nay. Năm 1999, chùa Phật nhỏ chính thức được trùng tu, nhưng tượng “Phật nhỏ” vẫn giữ hàng chục năm qua. Ngoài bàn thờ Tam Bảo, cách thờ phượng giữ dáng vẻ truyền thống hồi mới khai sơn. Mặc dù chùa không có trụ trì, nhưng cũng đón nhiều người lên viếng và cúng, nghỉ tạm qua đêm, đảm bảo hàng trăm người cùng lúc, có nước sinh hoạt đầy đủ mùa khô.
